Ciliados anaerobicos de al menos unos 25 tipos o especies, presentaron marca contra proteínas de la cadena respitoria. A nivel ultraestructural la marca puede que este asociada con algun tipo de "mitocondria anaeobica", como es denominada por Martin (2000) en su revisión sobre hidrogenosomas. Estos hidrogenosomas son estructuras que los ciliados estudiados son redondeados y estan concentrados en zonas en el citoplasma. No sabemos hasta el momento si lestos hidrogenosomas estan asociados con procariotas endosimbiontes. Sin embargo, algunos analisis muestran que hay endosimbiosis asociados al citoplasma o el núcleo.
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